охорона державного кордону на морі, річках, озерах та інших водоймах;

контроль за плаванням і перебуванням українських та іноземних невійськових суден і військових кораблів у територіальному морі та внутрішніх водах України, заходженням іноземних невійськових суден і військових кораблів у внутрішні води і порти України та перебуванням у них;

охорона суверенних прав України в її В(М)ЕЗ та контроль за реалізацією прав і виконанням зобов’язань у цій зоні інших держав, українських та іноземних юридичних і фізичних осіб, міжнародних організацій;

участь у виконанні завдань державної охорони;

здійснення самостійно або разом із спеціально уповноваженими на те органами виконавчої влади контролю у районах несення служби за збереженням природних ресурсів, додержанням правил промислової та іншої діяльності, охороною довкілля та підводної культурної та археологічної спадщини;

участь у пошуково-рятувальних операціях на воді;

припинення Морською охороною Державної прикордонної служби України у взаємодії із з'єднаннями, військовими частинами та підрозділами Збройних Сил України, іншими військовими формуваннями, правоохоронними органами збройних та інших провокацій в зоні відповідальності, участь у відсічі і стримуванні збройної агресії проти України у складі сил оборони.