Навчальний центр морської охорони є державним професійно-технічним навчальним закладом третього атестаційного рівня.

Навчальний центр морської охорони у своїй діяльності керується Конституцією України, законами України «Про Державну прикордонну службу України», «Про освіту», «Про військовий обов’язок і військову службу», «Про професійно-технічну освіту», указами та розпорядженнями Президента України, нормативно-правовими актами Верховної Ради та Кабінету Міністрів України, нормативними актами Міністерства освіти і науки України, Адміністрації Державної прикордонної служби України, Статутом Навчального центру морської охорони.

Зазначені категорії персоналу у Навчальному центрі морської охорони проходять навчання за наступними напрямками підготовки:

1. Спеціальне  озброєння (обладнання) кораблів морської охорони:

• артилерійське озброєння  КрМО (КаМО);
• радіотехнічні засоби  КрМО (КаМО);
• технічні засоби навігації та кораблеводіння;

2. Технічне обладнання кораблів та катерів морської охорони:

• засоби  корабельної автоматики та електрообладнання;
• корабельні двигуни внутрішнього згорання.

3. Технічне обладнання та застосування малих катерів морської охорони.

Крім фахівців корабельно-катерного складу морської охорони у Навчальному центрі морської охорони здійснюється підготовка молодших фахівців для інших органів Державної прикордонної служби України:

• підвищення кваліфікації операторів постів технічного спостереження;
• підвищення кваліфікації операторів систем оптико-електронного спостереження.

Структура Навчального центру морської охорони складається з управління Навчального центру, трьох основних підрозділів та восьми груп, які здійснюють всебічне забезпечення навчально-виховного процесу.

Цикл підготовки фахівців морської охорони – базовий структурний підрозділ Навчального центру, що здійснює навчальну та методичну діяльність, здійснює раціоналізаторську діяльність за певним напрямом.

Відділ підготовки персоналу – основний організаційний структурний підрозділ Навчального центру, в якому курсанти об’єднуються в навчальні групи за спеціальностями.

Госпіталь - структурний підрозділ, який здійснює медичне забезпечення здобувачів освіти, військовослужбовців, працівників органів та підрозділів ДПСУ, які дислокуються у м. Ізмаїл, членів їх сімей та ветеранів служби.

В Навчальному центрі створена та постійно оновлюється сучасна навчальна  матеріально-технічна база (НМТБ). До складу центру входять два навчальні корпуси. В них  обладнано  спеціалізовані комп’ютерні та лекційні кабінети з мультимедійним обладнанням, спеціальні навчальні кабінети за напрямками підготовки.

НМТБ центру включає:

• навчально-лабораторну базу (лабораторне устаткування та обладнання, вимірювальна та обчислювальна техніка, технічні засоби навчання і контролю, наочне приладдя);
• 13 навчальних кабінетів, лабораторію двигунів внутрішнього згорання, тренажер по відпрацюванню боротьби з водою надводного корабля, навчальну бібліотеку, методичний кабінет (викладацька), інші навчальні та навчально-допоміжні приміщення;
• озброєння та техніку;
• такелажну майстерню;
• польову навчальну базу;
• підручники та навчальні посібники, наукову та довідкову літературу, статути, порадники, технічні описи, курси стрільб, інші нормативні документи і навчально-методичні матеріали;
• спортивну залу, спортивні споруди (майданчики), навчальні містечка;
• інтерактивний мультимедійний лазерний тир;
• інші матеріальні й технічні засоби, будівлі та споруди.