Регіональне управління в межах повноважень, делегованих Адміністрацією Державної прикордонної служби України, забезпечує реалізацію державної політики у сфері охорони державного кордону України на морі, річках та інших водоймах, а також охорони суверенних прав України в її прилеглій зоні, виключній (морській) економічній зоні та контроль за реалізацією прав і виконання зобов’язань у цих зонах інших держав, українських та іноземних юридичних і фізичних осіб, міжнародних організацій.

Зона відповідальності Морської охорони включає 765 миль морської ділянки державного кордону України, з яких 509 миль – Чорним морем, 132 милі - Азовським та 26 миль - Керченською протокою. Протяжність кордону по річці Дунай – 98 миль. Площа виключної (морської) економічної зони сягає понад 21 тисячу квадратних миль. Після анексії АР Крим до тимчасово непідконтрольної території віднесено 413 миль морського кордону, з яких 290 – в Чорному морі, 97 – в Азовському та 26 миль Керченської протоки. У В(м)ЕЗ – понад 15 тисяч квадратних миль.