Протягом першого періоду (вересень 1991 – 1993 рр.) відбувалося утворення і становлення Прикордонних військ. Вирішувалися нагальні проблеми, пов’язані зі створенням українських кордонів, напрацюванням нормативно-правової бази їх функціонування, комплектуванням, формуванням організаційно-штатної структури, виставленням підрозділів по всьому периметру державної території України; формуванням, розгортанням нових об’єднань, з’єднань і частин, організацією ними прикордонного контролю на кордоні з Молдовою, Російською Федерацією, Білоруссю; нарощенням зусиль з охорони морської ділянки; розвитком авіації тощо.

Утворення та становлення військ здійснювалося під керівництвом першого Голови Державного комітету у справах охорони державного кордону України – командувача Прикордонних військ генерала армії України Валерія Олександровича Губенка.

У 1991 році оперативна обстановка на державному кордоні складалася під впливом розпаду Радянського Союзу, боротьби за політичну владу у новостворених державах, економічної кризи в усіх республіках колишнього СРСР, забезпечення територіальної цілісності пострадянських держав.

Особливо стрімкої динаміки набували процеси безконтрольного переміщення через кордони громадян, товарів і вантажів, зброї, вибухових, наркотичних та отруйних речовин. Активізувалась діяльність злочинних та екстремістських груп. Зростав потік незаконної міграції.

Для того, щоб захистити себе від незаконної діяльності та забезпечити ефективне функціонування державного кордону, керівництво України розпочало роботу з визначення своїх рубежів на міждержавному рівні та створення прикордонного відомства, робота якого ґрунтувалася б на відповідній правовій базі.

У 1991 році прикордонники незалежної України продемонстрували свою спроможність контролювати ситуацію на державному кордоні. Загалом упродовж року було пропущено через державний кордон 14,5 млн. громадян і 1,87 млн. одиниць транспортних засобів. Затримано 885 порушників кордону. Із загальної кількості затриманих - 533 іноземних громадян, 148 – нелегальні мігранти. Виявлено, вилучено та передано митним органам товарів і сировини, що незаконно переміщувались через кордон, на загальну суму 29,6 тис. крб. Крім того, вилучено 1236 одиниць зброї та 10701 штук боєприпасів. Органами дізнання ПВУ відносно затриманих порушників порушено 37 кримінальних справ на 56 чоловік. Проведено одну прикордонну операцію і 229 пошуків.

Через економічні труднощі в Україні на початку 90-х років катастрофічно зменшується фінансове забезпечення прикордонного відомства. Так, затверджені в держбюджеті України асигнування забезпечили у 1992 році 53%, а у 1993 році лише 20,1% фактичної потреби Прикордонних військ. Найбільш проблемними стають ділянки кордону зі вчорашніми сусідами по СРСР, громадяни яких масово порушують законодавство про державний кордон України.

У зв’язку із загостренням обстановки у прикордонних з Україною районах Республіки Молдова (де з березня 1992 року почались бойові дії між військовими формуваннями Республіки Молдова та самопроголошеної Придністровської Молдовської Республіки) Президент і Кабінет Міністрів України в березні 1992 року вказали Держкомкордону та іншим правоохоронним структурам на необхідність терміново організувати надійну охорону цієї ділянки державного кордону.

Напружена ситуація на пострадянському просторі привела до необхідності встановлення прикордонного і митного контролю на державному кордоні з Республікою Білорусь і Російською Федерацією, а з країнами колишнього СРСР, що безпосередньо не межували з Україною – при здійсненні повітряного сполучення.

Враховуючи нові завдання, необхідність підвищення оперативності управління частин і з’єднань на підставі постанови Кабінету Міністрів України від 4 травня 1992 року №221-03 та наказу Голови Держкомкордону від 8 травня 1992 року №042 у ПВУ були створені регіональні структурні підрозділи – Північно-Західне (з дислокацією у м. Львові), Південне (м. Одеса) та Південно-Східне (м. Харків) управління (з грудня 1995 року їх перейменовано в напрями).

За рахунок додаткової чисельності в тому ж 1992 році сформовано і виставлено на охорону кордону 10 загонів прикордонного контролю (місця дислокації: Ізмаїл, Березине, Могилів-Подільський, Котовськ, Луцьк, Суми, Чернігів, Харків, Луганськ, Маріуполь) у складі 120 застав прикордонного контролю і 119 пунктів пропуску через  державний кордон.

Активна робота по створенню контрольно-пропускних пунктів розпочалась теж у 1992 році. 22 червня 1992 року Президент України видав розпорядження “Про державну програму розвитку мережі пунктів пропуску через державний кордон України та відповідної сервісної інфраструктури”, яким зобов’язав Кабінет Міністрів обстежити наявні КПП через державний кордон і в тримісячний термін розробити і затвердити відповідну програму. Державний підхід дозволив значно пожвавити темпи відкриття пунктів пропуску.

В інтересах підготовки власних кадрів 14 грудня 1992 року створено інститут Прикордонних військ України в м. Хмельницькому, який вже у 1993 році здійснив перший випуск офіцерів.

Для підготовки молодого поповнення, командирів відділень і молодших спеціалістів сформовано 3 навчальних загони у містах Івано-Франківськ, Оршанець та Алчевськ.

У 1992 році через державний кордон було пропущено 16,9 млн. громадян і 3,6 млн. одиниць транспортних засобів; затримано 1563 порушники кордону, з яких 789 – нелегальні мігранти; виявлено і вилучено контрабандних товарів на загальну суму 57,1 тис. крб., 1757 одиниць зброї та 11 327 штук боєприпасів, 6,2 кг наркотичних речовин; виявлено 10 каналів нелегальної міграції і контрабанди; органами дізнання ПВУ відносно затриманих порушників порушено 47 кримінальних справ на 87 чоловік; проведено 16 прикордонних операцій і 197 пошуків. Відбулось 12 разів на 228 діб повне переведення з’єднань і частин на посилену охорону кордону і 197 разів на 832 доби – часткове. Під час несення служби кораблями (катерами) морських бригад проведено огляд 113 суден і плавзасобів, з них 15 (91 чоловік) суден затримано за порушення режиму плавання, у 8 випадках припинено порушення режиму морського кордону.

Наступного, 1993 року, через державний кордон України вже пропущено 83,9 млн. громадян і 10,6 млн. одиниць транспортних засобів; затримано 17890 порушників кордону, з яких 9086 – нелегальні мігранти; виявлено і вилучено контрабандних товарів на загальну суму 42,7 млн. крб., 2435 одиниць зброї та 353 631 штук боєприпасів, 7210,2 кг наркотичних речовин; виявлено 10 каналів нелегальної міграції та контрабанди; органами дізнання ПВУ відносно затриманих порушників порушено 49 кримінальних справ на 81 чоловіка; проведено 6 прикордонних операцій і 283 пошуки; проведений огляд 98 іноземних плавзасобів. Відбулось 50 разів на 148 діб повне переведення з’єднань і частин на посилену охорону кордону і 286 разів на 861 добу – часткове. Силами морських і авіаційних частин проведено 11 рятувальних операцій на морі, в ході яких врятовано 52 чоловіки.