Історія СЕЗ (м. Львів) розпочалася з 08 червня 1995 року, коли наказом Голови Держкомкордону України був створений  санітарно-епідеміологічний загін управління Західного напряму Прикордонних військ України, який дислокувався разом з медичною службою управління Західного напряму.

У серпні 2003 року, з набуттям чинності Закону України «Про Державну прикордонну службу України», загін був реорганізований у Санітарно-епідеміологічний загін Державної прикордонної служби України з місцем дислокації м. Львів та розгорнутий на території Львівського клінічного госпіталю.

З вересня 2007 року загін дислокується на території Львівського прикордонного загону, де розгорнуті усі передбачені штатом функціональні підрозділи.