105 прикордонний загін імені князя Володимира Великого (м.Чернігів)

9 прикордонний загін імені Січових Стрільців (м.Житомир)

10 мобільний прикордонний загін (м.Київ)

Окремий контрольно-пропускний пункт «Київ» (м.Бориспіль)

130 головний центр зв’язку, автоматизації та захисту інформації (м.Київ)

Національна академія Державної прикордонної служби України імені Богдана Хмельницького (м.Хмельницький)

Головний центр підготовки особового складу Державної прикордонної служби України імені генерал-майора Ігоря Момота (м.Черкаси)

Військовий ліцей Державної прикордонної служби України (м.Хмельницький)

Окрема комендатура охорони і забезпечення (м.Київ)

Головний центр обробки спеціальної інформації (м.Київ)

Головний експертно-криміналістичний центр (м.Бориспіль)

Головний військово-медичний клінічний центр (Центральний клінічний госпіталь) (м.Київ)

Київський санітарно-епідеміологічний загін (м.Київ)

Львівський санітарно-епідеміологічний загін (м.Львів)

Одеський санітарно-епідеміологічний загін (м.Одеса)

Клінічний санаторій «Аркадія» (м.Одеса)

Санаторій «Прикордонник - Немирів» (н.п.Немирів)

Санаторій «Моршин - Прикордонник» (н.п.Моршин)

Спортивний комітет (м.Київ)

Академічний ансамбль пісні і танцю (м.Київ)

Галузевий державний архів (м.Узин)

Центральний музей (м.Черкаси)

Головний центр капітального будівництва та реконструкцій (м.Київ)

Головний центр оперативного документування та оперативно-технічних заходів (м.Київ)

Центральна база зберігання та постачання (с.Савенці)

1 склад пального (смт.Попільня)

2 склад пального (н.п.Подільськ)

Головний центр поліграфічних досліджень (м. Київ)

Служба безпеки дорожнього руху органів центрального підпорядкування (м. Київ)

Головний центр управління службою (м. Київ)

Контактний центр (м. Київ)

Центральна військово-лікарська комісія

Головний центр медіакомунікацій

Головний центр правової роботи (м. Київ)

Головний центр супроводження програм розвитку (офіс реформ)

15 мобільний прикордонний загін