Розбудова Прикордонних військ відбувалася у 1994 – 1999 рр. під керівництвом генерал-полковника Віктора Івановича Банних. У цей період виконувалися завдання, які передбачалися довгостроковою Комплексною програмою розбудови державного кордону України; удосконалювалося законодавство про державний кордон; договірно-правове оформлення державного кордону; формувалася і затверджувалася ідеологія охорони державного кордону; розвивалася мережа пунктів пропуску через державний кордон; удосконалювалися система управління, структура військ та їх оперативно-службова діяльність, матеріально-технічне забезпечення тощо.

У середині 90-х років минулого століття на загальну ситуацію дуже впливала неврегульованість договірно-правового оформлення проходження лінії державного кордону та його режиму з суміжними державами.

Не задовольняла потреб України в розвитку міжнародних зв’язків та її інтеграції у співтовариство європейських держав існуюча система пунктів пропуску через державний кордон. Через їх низьку пропускну спроможність  і нерозвиненість сервісного забезпечення уповільнювався пропуск осіб і транспортних засобів, створювались незручності тим, хто перетинав кордон.

Не було створено умов для здійснення санітарно-карантинного, вете­ринарного і фітосанітарного контролю під час перетинання кордону, що істотно знижувало екологічну безпеку країни.

Особливістю періоду 1994-1999 років та основною причиною труднощів у виконанні Комплексної програми розбудови державного кордону було вкрай незадовільне фінансування як Прикордонних військ України, так і всього, що стосувалось розвитку прикордонної інфраструктури. У наказі Голови Держкомкордону “Про підсумки фінансової діяльності у 1994 році” від 20 квітня 1995 року №149 зазначалось, що  “...затверджені у Держбюджеті України асигнування у сумі 2100,0 млрд. крб. дозволили забезпечити лише 15,5% фактичної потреби військ...”. Але ситуація додатково ускладнилася, прикордонники продовжували недофінансовуватися, у результаті чого отримали лише 10,5% від необхідних коштів.

У 1995 році фінансове забезпечення становить 44%, але реально, з урахуванням попередніх недоплат – лише 33,3%. І у наступні роки ситуація продовжувала залишатись схожою. Усе це суттєво  впливало на матеріально-технічний стан військ, вони часто залишались без поточного фінансування й постачання, фактично без резервів, що не дозволяло в повному обсязі використовувати в охороні кордону автотранспорт, авіацію, кораблі, інші технічні засоби контролю.

Протягом 1994-1999 років через державний кордон було пропущено 391 млн. громадян і 81,9 млн. одиниць транспортних засобів. Затримано 134205 порушників  кордону, з яких 65628 – незаконні мігранти. Виявлено і вилучено 10643 одиниці зброї, 2307741 штук боєприпасів та 20,75 кг вибухівки, 11685,4 кг наркотичних речовин, 200 кг радіоактивних речовин. Затримано контрабандних товарів на загальну суму 52 млн. 255 тис. грн. Виявлено майже 500 каналів і понад 1 тис. пособників незаконних мігрантів. Органами дізнання ПВУ щодо затриманих осіб порушено майже 1 тис. адміністративних та кримінальних справ відносно 1550 осіб. За цей період було проведено 80 прикордонних операцій і 1078 пошуків.